Beasiswa sendiri termuat dalam Rencana Pembangunan Jangka Menengah Daerah (RPJMD) Provinsi Papua tahun 2013-2018 dan RPJMD tahun 2018-2023. Pada tahun 2014 diberlakukannya Peraturan Daerah Khusus (Perdasus) tentang Pembagian Penerimaan dan Pengelolaan Keuangan Dana Otonomi Khusus, maka ada bagian dari PERDASUS ini yang mengatur tentang Urusan Bersama yaitu pembiayaan atas program strategis lintas kabupaten/kota di Provinsi Papua yang alokasi anggarannya diatur di Provinsi Papua meliputi Beasiswa, Kartu Papua Sehat, Perekonomian rakyat dan Perumahan Rakyat.
Khusus beasiswa sejak pengelolaannya mengikuti regulasi dimaksud, dan instansi pengelola administrasinya berpindah-pindah ke beberapa organisasi perangkat daerah di lingkungan Pemerintah Provinsi Papua, dan berdasarkan Peraturan Gubernur Nomor 41 tahun 2019 tentang Organisasi dan Tata Kerja Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia ProvinsiĀ Papua, sejak tahun 2020 atau dalam tiga (3) tahun terakhir (2020, 2021 dan 2022) beasiswa ini di kelola oleh Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia Provinsi Papua.
Selanjutnya sejak ditetapkan Undang-Undang Nomor 2 tahun 2021 tentang Perubahan Ketiga atas Undang-Undang Nomor 21 Tahun 2001 tentang Otonomi Khusus bagi Provinsi Papua, beserta peraturan turunannya Peraturan Pemerintah Nomor 106 tahun 2021 tentang Kewenangan dan Kelembagaan Pelaksanaan Kebijakan Otonomi Khusus Provinsi Papua dan Peraturan Pemerintah Nomor 107 tahun 2021 tentang Penerimaan, Pengelolaan, Pengawasan, dan Rencana Induk Percepatan Pembangunan Dalam Rangka Pelaksanaan Otonomi Khusus Provinsi Papua, bahwa sejak tahun anggaran 2022 Pemerintah Pusat telah menetapkan plafon anggaran dan menyalurkan langsung kepada setiap Provinsi dan Kabupaten/Kota di seluruh Tanah Papua. Artinya bahwa Pemerintah Provinsi Papua bukan lagi sebagai pembagi dana Otonomi Khusus tetapi Pemerintah Provinsi Papua juga sama dengan Kabupaten/Kota lainnya di Tanah Papua sebagai penerima Dana Otonomi Khusus dari Pemerintah Pusat.
Bagaimana Pemerintah Provinsi Papua melalui Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia mengelola program ini di tahun 2022 pasca diberlakukannya Undang-Undang 2 tahun 2021, Peraturan Pemerintah Nomor 106 tahun 2021 dan Peraturan Pemerintah Nomor 107 tahun 2021.
Bulan oktober tahun 2021 Badan Pengembangan Sumber Daya Manusia mengajukan usulan anggaran beasiswa (Siswa Unggul Papua) untuk tahun anggaran 2022 atas pembiayaan penerima beasiswa di dalam Negeri maupun Luar Negeri sejumlah 3.891 mahasiswa sebesar Rp. 601.000.000.000 (enam ratus satu miliar rupiah).
Pembiayaan yang dimaksud adalah biaya pendidikan, biaya hidup, biaya pembinaan dan biaya pendukung/penunjang beasiswa yang di usulkan melalui tim anggaran pemerintah daerah (TAPD Provinsi Papua). Usulan tersebut menjadi bagian dari rancangan anggaran pendapatan dan belanja Pemerintah Provinsi Papua TA 2022 yang diajukan kepada Dewan Perwakilan Rakyat Papua.
Dalam prosesnya Dewan Perwakilan Rakyat Papua menetapkan dalam peraturan Daerah Nomor 1 tahun 2022 tentang Anggaran Pendapatan Dan Belanja Daerah Provinsi Papua Tahun Anggaran 2022 yang isinya diantaranya menetapkan anggaran untuk beasiswa pada rekening belanja Hibah/Bantuan Sosial Pemerintah Provinsi Papua sebesar Rp. 380.000.000.000 (tiga ratus delapan puluh miliar rupiah) yang terdiri dari Rp.300.000.000.000 (tiga ratus miliar rupiah) bersumber dari dana cadangan Pemerintah Provinsi Papua dan Rp.80.000.000.000 (delapan puluh miliar rupiah) bersumber dari Spesifik Grand Otonomi Khusus.
Dana tersebut walaupun tidak sesuai dengan usulan kebutuhan yang dibutuhkan BPSDM Provinsi Papua tetap menyalurkan anggaran beasiswa sesuai dengan prosedur pengelolaan beasiswa. Tahapan penyalurannya diajukan kepada Sekretaris Daerah c.q. Badan pengelolaan Keuangan dan Aset Daerah selaku Bendahara Umum Daerah untuk Pencairan secara bertahap dari rekening kas umum Pemerintah Provinsi Papua ke rekening pengelolaan beasiswa unggul Papua dan selanjutnya di salurkan kepada lembaga pendidikan ataupun para penerima beasiswa.